COGERSA cuenta con una depuradora de lixiviados basada en el proceso BIOMEMBRAT® (primera instalación de este tipo en España). En esta planta se tratan los lixiviados procedentes de los distintos vertederos y las fracciones líquidas tanto externas como internas, que requieren tratamiento. La instalación de depuración de COGERSA ha pasado por varias fases de ampliación y mejora, siendo su capacidad actual de 950 m3/día

Este sistema de depuración se basa fundamentalmente en una depuración biológica mediante bacterias nitrificantes y desnitrificantes (proceso de nitrificación-desnitrificación) en reactores a presión, con una fase posterior de ultrafiltración para separar el efluente de los fangos biológicos.

Ocasionalmente, los lixiviados pueden contener niveles elevados de sólidos en suspensión, que perjudican el proceso de ultrafiltración, razón por la que se incorpora un tratamiento físico-químico para coagular, precipitar y centrifugar esos sólidos previamente a la alimentación del lixiviado a planta.